O zoneamento da APA Bororé-Colônia organiza o território de forma integrada, unindo aspectos físicos, socioeconômicos e biológicos. Ele foi construído com base na legislação, no diagnóstico socioambiental e em oficinas participativas, consolidando propostas de pesquisadores, comunidade, equipe da SVMA e da STCP Engenharia.Trata-se de um instrumento dinâmico e atualizável que define as regras, limites e atividades de cada zona. Como a APA é uma Unidade de Conservação de Uso Sustentável, ela permite atividades produtivas e ocupação do solo em harmonia com a natureza. Porém, devido ao seu decreto de criação e à proximidade com áreas de Proteção Integral, o zoneamento também cria zonas específicas de proteção máxima, onde só é permitido o uso indireto dos recursos naturais.

Foram definidos três (03) tipos de zonas para APA-BC e cinco (05) Áreas Estratégicas.

I - Zona de Conservação

Esta zona protege ambientes naturais de alto valor ecológico, científico e paisagístico com baixa interferência humana, proibindo o uso direto dos recursos. Ela engloba unidades de conservação, parques municipais e áreas de ZEPAM, servindo como espaço estratégico para novos corredores ecológicos e projetos de Pagamento por Serviços Ambientais (PSA). A área abriga florestas nativas com grande biodiversidade, incluindo 90 espécies endêmicas da Mata Atlântica e 18 plantas ameaçadas de extinção. Além disso, protege nascentes que abastecem a Represa Billings, sendo vital para manter a qualidade da água da região.

II - Zona de Uso Sustentável

Esta zona contém ambientes naturais com alterações humanas, onde os recursos podem ser manejados de forma comunitária, incluindo usos florestais e pesqueiros. Fragmentada e situada majoritariamente na área rural, ela se intercala com outras zonas e combina vegetação nativa com atividades agrícolas. A produção local foca em hortaliças, legumes, pecuária de subsistência/lazer e sistemas agroflorestais. O espaço é caracterizado por propriedades rurais e chácaras de recreio, enfrentando o parcelamento irregular do solo como sua principal pressão ambiental.

e III - Zona de Qualificação Ambiental e Urbana.

Esta zona abriga as populações residentes e suas áreas de expansão compatíveis, além de infraestruturas comunitárias, de serviços e de suporte à produção. O foco é disciplinar a ocupação humana, admitindo moradias e atividades econômicas sob o incentivo de boas práticas de conservação do solo e da água. Ela engloba os núcleos urbanos adensados de Parelheiros e Grajaú, minerações, aterros licenciados, pequenas indústrias de baixo impacto e Zonas Especiais de Interesse Social (ZEIS 1 e 4). O objetivo nestes espaços é promover a qualificação ambiental e urbanística, recuperar áreas mineradas, regularizar habitações e implantar equipamentos públicos, comércio e serviços locais de acordo com a legislação.

Além disso, foram definidas cinco (05) Áreas Estratégicas.

As áreas estratégicas são espaços internos ou externos à Unidade de Conservação que possuem condições ecológicas, culturais ou socioeconômicas peculiares. Elas exigem um planejamento específico e ações de gestão diferenciadas por meio de planos setoriais prioritários, podendo ocorrer em qualquer tipo de zona sem a necessidade de memorial descritivo. Para a APA-BC, foram definidas 05 áreas estratégicas:Área de Conservação dos Recursos Hídricos, Corredores Ecológicos, Área de Interesse Turístico e Histórico-Cultural, Área de Recuperação Ambiental e Área de Adequação Ambiental I e II.